生理3日目位から陰毛と足の付け根の間辺りが痒くなりました。掻きすぎたせいか皮がむけてしばらくたった今でも痒みがあり、皮が剥けた所が湿っぽいです。何かの病気でしょうか？

汗が溜まったり、下着のゴムで擦れたのが原因の湿疹だと思われます。掻きすぎて皮がむけたのかもしれないので、しばらく触らずに静かにしていて下さい。

2週間ほど前に彼とエッチな事しましたが、最後まではしていません。指を入れられただけですが、そのあと生理がきません。ただの生理不順かもしれませんが（先月はだいぶ遅れて血ではない黒いものが二週間ほど続くというものでした）不安です。

指に精液がついていたら、妊娠する可能性はあるんですか？

指を入れただけで妊娠するということはまずありません。また、指に精液がついていたとしても、1ccあたり4千万個の精子がないと妊娠はしないと言われていますので、心配はないと思いますよ。生理が遅れたら、まずは婦人体温計をつけて下さい。36.7度以下ならまず100%妊娠は考えられません。

あなたの生理不順は精神的なショックが原因ではないでしょうか。また、黒いものが2週間続いたということですが、これも精神的なショックからの無排卵性の不正出血だと思われます。不正出血を起こしたときでも、婦人体温計で36.7度以下なら心配はありませんそのまま放っておいても大丈夫です。ただ、不正出血は子宮ガンの心配もあるので1年に1回は子宮ガン検診をされた方が良いでしょう。