私と彼はアトピー性皮膚炎です。
彼もそんなにひどいアトピーではありませんし、私も4年くらいずっとアトピーはありませんでした。（その前はアトピーだったり治ったりでした）
彼とつきあい出して3ヶ月くらいが経った頃、急に手や首に症状が出てきました。
これまでずっと出なかったのにすごくショックでした。これは彼との性行為によってうつったものなのでしょうか？
性行為でアトピーってうつるものなのでしょうか？今すごく症状が悪化しています。
ぜひ教えていただきたいです。ヨロシクお願いします。

大丈夫。性行為でアトピーはうつりませんよ。
起こったことから推測するに、あなたたちはつきあい始めたばかりで、生活習慣が乱れがちなのではないでしょうか。
寝不足になっていたり、デートで外食が増えて、動物性タンパク質やスパイス類の多い食事に偏っているのではありませんか？
アトピーは寝不足や食生活で悪化することがあるんですよ。
一度生活習慣を見直してみてくださいね。

2ヶ月半ほど前から右足のつけねにしこりがあるのに気づきました（痛みはありません）。
その3ヶ月くらい前にエイズを含めた性病の検査をして問題はなく、その後も決まった相手としかセックスをしていませんが、しこりの原因として何が考えられるでしょうか。
ちなみにその検査をしてから変わったことといえば、ピルを服用し始めたことと、もう治りましたが膀胱炎になったことです。

足のつけねのしこりは、鼠径（そけい）リンパ腺というところが腫れているのでしょう。
原因はウイルス性の感染だと思います。ピルや膀胱炎はこの症状に関係なさそうですね。
エイズの検査はしたということなので、梅毒とヘルペスの検査をしてみてください。