1年前、血液検査で、クラミジアの抗体ができていると診断されました（薬はもらいませんでした）。
また、喉に淋菌が感染しましたが、性病科の医師が、そのうち治るからと言い特に治療はしませんでした。
それと、たまに疲れると指の関節が腫れるのですが、「リウマチではなく、菌が指にきてる」と医師に言われました。
淋菌が指にきているのか？　クラミジア抗体があるからなのか？　
どちらかの菌が原因で指の関節が腫れるようなことはあるのでしょうか？
また、クラミジア抗体ができていると、何か不都合（不妊など)はありますか？よろしくお願 いします。

淋菌は何もせずに放置しておいても「そのうち治る」ことはありません。
耳鼻科に行って薬を処方してもらってください。
また、クラミジアはいったん感染すると、その後2年ぐらい抗体が残り陽性になります。
今現在、かかっているかどうかを見極めるためには、感染したところの細胞を綿棒で取って検査しなければなりません。
できればやっておいたほうがよいでしょう。クラミジア抗体ができていることによって、妊娠への影響はありません。
それから、指の節が腫れることについては、クラミジア、淋菌とは全く関係ありません。リウマチが心配です。

彼氏と1年半ぐらい付き合ってます。
この間彼氏とエッチをしたのですが、そのあとから子宮辺りが痛くて、赤っぽい水のようなおりものが急にたくさん出てきたんです。
何かの病気ですか？？すごい不安です 。

おりものに赤や茶色っぽい血液が混ざることを不正出血といいます。
あなたの場合は、子宮入口のびらんが原因かもしれません。
びらんというのは、子宮の入口の粘膜が、ただれたような状態のことを言います。
この部分が、セックスの刺激で出血しているのだと考えられます。
びらんの原因として考えられるのが、ヒトパピローマウイルスとクラミジアです。
これらにかかると子宮ガンになりやすいと言われています。
1年以上子宮ガン検診を受けていないのなら、これを機会に受けておいたほうがよいでしょう。