バルトリン腺炎になり、病院で膿をぬきましたが、腫れがひきません。
むしろ膿をぬいてからのほうが、腫れている範囲が広くなってしまい、とても痛いです。
我慢していればそのうち治るのでしょうか？

あなたの場合は、十分に膿がぬけきれていないようです。
病院で膿をぬくときは、麻酔をかけ、腫れている部分を大きく切開して、ガーゼを挿入し、ドレーンというもので完全に膿を外に出します。
膿が完全にぬければ痛みも腫れもなくなります。
放っておいてもよくなりませんから、もう一度手術をやりなおしてもらったほうがよいですね。

時々、つばを飲んだ瞬間に妙な臭いがします。
また、くしゃみや咳をすると白い小さな塊も飛び出します。堅くも無く柔らかくもなく・・・潰せる堅さなんですが、それの臭いをかいでみると、なんとも強烈な悪臭がします。
うんちのような歯槽膿漏の人の口のような。それが飛び出した後は喉の臭いが治まるような気がします。
これは一体何でしょうか。恥ずかしくて病院にもいけません。解明願います。

あなたの場合、相当ひどい症状のようです。
副鼻腔炎が悪化しているのかもしれません。至急、耳鼻科に行ってください。