もともと生理痛がひどいのですが、ここ数年、生理の1～2日目は処方箋の鎮痛剤を飲まないといられないほどつらい状態です。
検査もしたのですが、病気ではないということでした。セックスの回数は多いほうだと思いますが、
性器を常に使っていると生理痛がひどくなったりするのでしょうか。

まず、セックスが原因で生理痛がひどくなるということはありません。ただし、生理中にセックスをすると、
雑菌が膣に入り込んで骨盤腹膜炎を起こすことがあります。そのほか、おりものが多いときは身体の抵抗力が低くなっているので、
感染症になる危険が高くなります。

クラミジアの治療中です。喉から性器にうつることはあるのでしょうか？

しょっちゅうあります。これを「性器外感染」といいます。今、若者の間で非常に多いんですよ。