セックスをしたとき、膣の中に射精はされていませんが、精液の付いた指で触られた可能性があります。
これでも妊娠することってあるのでしょうか。

妊娠に至るためには1cc中4000万の精子が必要といわれています。
ですから、指についた精液で妊娠することはまずないでしょう。。

カンジダの治療をしっかりしているのに、何度か発病してしまいます。
自分ではストレスや疲れを感じているつもりはありません。
唯一思い当たることは何日か連続で風邪薬を飲んだことぐらいですが、これが原因でしょうか。

カンジダは過労や、睡眠不足が続いているときに発生しやすい症状です。また抗生物質を飲んだときも起こることがあります。
何度も発症してなかなか治らないということであれば、パートナーがかかっている可能性もあります。
また本人が膀胱カンジダ症にかかっていることも考えられるので、念のため自分とパートナーの両方の尿を検査してもらってください。