彼女の喉に、白い口内炎のようなものが小さく2つできています。
これは何かの病気でしょうか？

咽頭クラミジアか、痛みが強ければ、ヘルペスという可能性もあります。
すぐ耳鼻科に行きましょう。

最近、顔の毛が生えている部分（口のまわりなど)の毛穴が目立つようになりました。
ホルモンバランスなどと関係があるのでしょうか？

きちんと生理が来ているようなら、ホルモンバランスに異常はないですよ。
あなたの場合は、食べ物のアレルギーとか、血行不良などが原因かもしれません。
まず、刺激の強いスパイスなどの食べ物をやめてみてください。
それから、睡眠不足やタバコは血液の循環を悪くするので、結果的に皮膚がかたくなってしまいます。
お風呂に入ってマッサージをするのもいいですね。
血行をよくすると、皮膚がやわらかくなって毛穴が目立たなくなるはずです。