生理が終わってから2、3日後、排尿時にペーパーで拭くと、少量ですが血がついています。どうやら前のほうから出血しているようで、とても気になっています。大丈夫なのでしょうか？

膀胱炎になると、尿道から出血することがあります。
膀胱炎のおもな症状は、排尿痛、尿意が近い、残尿感などですが、そういった症状はありますか？　
あなたの場合は膣からの出血がたまたまついてしまった、ということも考えられます。
無排卵月経の場合、出血がダラダラと続くことがあります。
また生理が終わって1週間後ぐらいのときに出血することがあり、これは排卵出血といって、心配ないものです。
1ヵ月ぐらい基礎体温をつけてみてください。
36.7℃以上の高温期と、それ以下の低温期がきちんとあれば心配ありませんが、念のため、子宮がん検診を受けておくとよいでしょう。

先日、生理時にセックスしました。
生理中のセックスは子宮内膜症になる可能性があると聞きましたが、その後、生理は順調で特に変わったことはありません。
子宮内膜症になった可能性はあるのでしょうか？

正しくは子宮内膜炎です。
子宮内膜炎になると、生理時の血が鮮やかな赤い色になります。
そうでなければ心配ありませんが、生理中のセックスが危険なことはおわかりのようですから、今後は絶対にやめてくださいね。